| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | CP002416 | = 2265802 | NA (NA) | 92 (1.070) | 64/292 | 0.6 | 94.9% | intergenic (+233/‑1153) | Clo1313_1935/Clo1313_1936 | Integrase catalytic region/hypothetical protein |
| ? | CP002416 | = 2370415 | 5 (0.060) | intergenic (‑1076/+880) | Clo1313_2008/Clo1313_2009 | transposase mutator type/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
TCCAAAGGATGTCAAGGGTCAAGATGAACTCGCTTACGCTCGCCCTTGACATCCTCCAACAGAGTGCACAGTTGTAAAGATTATACAAAATTAAGAAAGGAGAGCTAACTTAGAAAAGCTAAAAAACTGTCTTGACAATGGGGAGCATTata‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP002416/2265654‑2265802‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATAAATTGCGTTAATTGTCTATTTTAAAAATTTATAAAAATATATAAAAATAGAGTTCGATTTGTAAGCTGATAAAGTCTATTTTAAAAAGTTAGTATGGAATTTAGACAAGTCTTCTGTATATTTTTATAAGCTATGTAATTAGTAACTA < CP002416/2370415‑2370265 TCCAAAGGATGTCAAGGGTCAAGATGAACTCGCTTACGCTCGCCCTTGACATCCTCCAACAGAGTGCACAGTTGTAAAGATTATACAAAATTAAGAAAGGAGAGCTAACTTAGAAAAGCTAAAAAACTGTCTTGACAATGGGGAGCATTA > 1:103180/1‑150TCCAAAGGATGTCAAGGGTCAAGATGAACTCGCTTACGCTCGCCCTTGACATCCTCCAACAGAGTGCACAGTTGTAAAGATTATACAAAATTAAGAAAGGAGAGCTAACTTAGAAAAGCTAAAAAACTGTCTTGACAATGGGGAGCATTA < 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TTGACAATGGGGAGCATTATAAATTGCGTTAATTGTCTATTTTAAAAATTTATAAAAATATATAAAAATAGAGTTCGATTTGTAAGCTGATAAAGTCTATTTTAAAAAGTTAGTATGGAATTTAGACAAGTCTTCTGTATATTTTTATAA > 1:106762/1‑150 ACAATGGGGAGCATTATAAATTGCGTTAATTGTCTATTTTAAAAATTTATAAAAATATATAAAAATAGAGTTCGATTTGTAAGCTGATAAAGTCTATTTTAAAAAGTTAGTATGGAATTTAGACAAGTCTTCTGTATATTTTTATAAGCT < 1:104639/150‑1 CAATGGGGAGCATTATAAATTGCGTTAATTGTCTATTTTAAAAATTTATAAAAATATATAAAAATAGAGTTCGATTTGTAAGCTGATAAAGTCTATTTTAAAAAGTTAGTATGGAATTTAGACAAGTCTTCTGTATATTTTTATAAGCTA < 1:104637/150‑1 CAATGGGGAGCATTATAAATTGCGTTAATTGTCTATTTTAAAAATTTATAAAAATATATAAAAATAGAGTTCGATTTGTAAGCTGATAAAGTCTATTTTAAAAAGTTAGTATGGAATTTAGACAAGTCTTCTGTATATTTTTATAAGCTA < 1:97158/150‑1 AATGGGGAGCATTATAAATTGCGTTAATTGTCTATTTTAAAAATTTATAAAAATATATAAAAATAGAGTTCGATTTGTAAGCTGATAAAGTCTATTTTAAAAAGTTAGTATGGAATTTAGACAAGTCTTCTGTATATTTTTATAAGCTAT < 1:104635/150‑1 AATGGGGAGCATTATAAATTGCGTTAATTGTCTATTTTAAAAATTTATAAAAATATATAAAAATAGAGTTCGATTTGTAAGCTGATAAAGTCTATTTTAAAAAGTTAGTATGGAATTTAGACAAGTCTTCTGTATATTTTTATAAGCTAT < 1:94732/150‑1 GGGGAGCATTATAAATTGCGTTAATTGTCTATTTTAGAAATTTATAAAAATATATAAAAATAGAGTTCGATTTGTAAGCTGATAAAGTCTATTTTAAAAAGTTAGTATGGAATTTAGACAAGTCTTCTGTATATTTTTATAAGCTATGTA < 1:112609/150‑1 GGGAGCATTATAAATTGCGTTAATTGTCTATTTTAAAAATTTATAAAAATATATAAAAATAGAGTTCGATTTGTAAGCTGATAAAGTCTATTTTAAAAAGTTAGTATGGAATTTAGACAAGTCTTCTGTATATTTTTATAAGCTATGTAA < 1:96782/150‑1 AGCATTATAAATTGCGTTAATTGTCTATTTTAAAAATTTATAAAAATATATAAAAATAGAGTTCGATTTGTAAGCTGATAAAGTCTATTTTAAAAAGTTAGTATGGAATTTAGACAAGTCTTCTGTATATTTTTATAAGCTATGTAATTA < 1:104633/150‑1 AGCATTATAAATTGCGTTAATTGTCTATTTTAAAAATTTATAAAAATATATAAAAATAGAGTTCGATTTGTAAGCTGATAAAGTCTATTTTAAAAAGTTAGTATGGAATTTAGACAAGTCTTCTGTATATTTTTATAAGCTATGTAATTA < 1:96670/150‑1 CATTATAAATTGCGTTAATTGTCTATTTTAAAAATTTATAAAAATATATAAAAATAGAGTTCGATTTGTAAGCTGATAAAGTCTATTTTAAAAAGTTAGTATGGAATTTAGACAAGTCTTCTGTATATTTTTATAAGCTATGTAATTAGT > 1:104685/1‑150 ATTATAAATTGCGTTAATTGTCTATTTTAAAAATTTATAAAAATATATAAAAATAGAGTTCGATTTGTAAGCTGATAAAGTCTATTTTAAAAAGTTAGTATGGAATTTAGACAAGTCTTCTGTATATTTTTATAAGCTATGTAATTAGTA < 1:104631/150‑1 TTATAAATTGCGTTAATTGTCTATTTTAAAAATTTATAAAAATATATAAAAATAGAGTTCGATTTGTAAGCTGATAAAGTCTATTTTAAAAAGTTAGTATGGAATTTAGACAAGTCTTCTGTATATTTTTATAAGCTATGTAATTAGTAA < 1:93636/150‑1 ATAAATTGCGTTAATTGTCTATTTTAAAAATTTATAAAAATATATAAAAATAGAGTTCGATTTGTAAGCTGATAAAGTCTATTTTAAAAAGTTAGTATGGAATTTAGACAAGTCTTCTGTATATTTTTATAAGCTATGTAATTAGTAACT > 1:106782/1‑150 TAAATTGCGTTAATTGTCTATTTTAAAAATTTATAAAAATATATAAAAATAGAGTTCGATTTGTAAGCTGATAAAGTCTATTTTAAAAAGTTAGTATGGAATTTAGACAAGTCTTCTGTATATTTTTATAAGCTATGTAATTAGTAACTA < 1:104629/150‑1 TCCAAAGGATGTCAAGGGTCAAGATGAACTCGCTTACGCTCGCCCTTGACATCCTCCAACAGAGTGCACAGTTGTAAAGATTATACAAAATTAAGAAAGGAGAGCTAACTTAGAAAAGCTAAAAAACTGTCTTGACAATGGGGAGCATTata‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP002416/2265654‑2265802‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATAAATTGCGTTAATTGTCTATTTTAAAAATTTATAAAAATATATAAAAATAGAGTTCGATTTGTAAGCTGATAAAGTCTATTTTAAAAAGTTAGTATGGAATTTAGACAAGTCTTCTGTATATTTTTATAAGCTATGTAATTAGTAACTA < CP002416/2370415‑2370265 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |