Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP002416 | 203,410 | C→A | intergenic (+172/‑127) | Clo1313_0188 → / → Clo1313_0189 | UDP‑N‑acetylglucosamine 2‑epimerase/ATP synthase F0, A subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP002416 | 203,410 | 0 | C | A | 98.3% | 217.1 / NA | 60 | intergenic (+172/‑127) | Clo1313_0188/Clo1313_0189 | UDP‑N‑acetylglucosamine 2‑epimerase/ATP synthase F0, A subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (36/23); minor base G (0/1); total (36/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.17e-01 |
TTTAAAATAACTATTGAACAGTAAATAACTCTGTGGTAATATCTTTTTAAACATTGAAGAGATTGCTATTTAATTACAGTTGAATATATTTGTGTATATTGTGAGTTTTGCCGAAGAAGCCAAAGCTGTGAGCTGTTCGGCCTTTTTTAATATATTTTTTTCATTAGTTTATACTATTAAAGACAAAATATAACGACAATAATTAAAGTAAAGACAATAATTAAAAGAAAATAGATAAAAGATGACAAGATAAGAAGGCGAATATGAATGGGAGAGTTTGCAAAT > CP002416/203270‑203554 | tttAAAATAACTATTGAACAGTAAATAACTCTGTGGTAATATCTTTTTAAACATTGAAGAGATTGCTATTTAATTACAGTTGAATATATTTGTGTATATTGTGAGTTTTGCCGAAGAAGCCAAAGCTGTGAGCTGTTCGGACTTTTTTaa > 1:4275/1‑150 (MQ=255) ttAAAATAACTATTGAACAGTAAATAACTCTGTGGTAATATCTTTTTAAACATTGAAGAGATTGCTATTTAATTACAGTTGAATATATTTGTGTATATTGTGAGTTTTGCCGAAGAAGCCAAAGCTGTGAGCTGTTCGGGCTTTTTTAat < 1:4279/150‑1 (MQ=255) tAAAATAACTATTGAACAGTAAATAACTCTGTGGTAATATCTTTTTAAACATTGAAGAGATTGCTATTTAATTACAGTTGAATATATTTGTGTATCTTGTGAGTTTTGCCGAAGAAGCCAAAGCTGTGAGCTGTTCGGACTTTTTTAata > 1:1070776/1‑150 (MQ=255) tAAAATAACTATTGAACAGTAAATAACTCTGTGGTAATATCTTTTTAAACATTGAAGAGATTGCTATTTAATTACAGTTGAATATATTTGTGTATATTGTGAGTTTTGCCGAAGAAGCCAAAGCTGTGAGCTGTTCGGACTTTTTTAata > 1:652860/1‑150 (MQ=255) cTATTGAACAGTAAATAACTCTGTGGTAATATCTTTTTAAACATTGAAGAGATTGCTATTTAATTACAGTTGAATATATTTGTGTATATTGTGAGTTTTGCCGAAGAAGCCAAAGCTGTGAGCTGTTCGGACTTTTTTAATATAtttttt < 1:449195/150‑1 (MQ=255) tGAACAGTAAATAACTCTGTGGTAATATCTTTTTAAACATTGAAGAGATTGCTATTTAATTACAGTTGAATATATTTGTGTATATTGTGAGTTTTGCCGAAGAAGCCAAAGCTGTGAGCTGTTCGGACTTTTTTAATATATTTTTTTCAt < 1:4277/150‑1 (MQ=255) cAGTAAATAACTCTGTGGTAATATCTTTTTAAACATTGAAGAGATTGCTATTTAATTACAGTTGAATATATTTGTGTATATTGTGAGTTTTGCCGAAGAAGCCAAAGCTGTGAGCTGTTCGGACTTTTTTAATATATTTTTTTCATTAGt < 1:747061/150‑1 (MQ=255) cAGTAAATAACTCTGTGGTAATATCTTTTTAAACATTGAAGAGATTGCTATTTAATTACAGTTGAATATATTTGTGTATATTGTGAGTTTTGCCGAAGAAGCCAAAGCTGTGAGCTGTTCGGACTTTTTTAATATATTTTTTTCATTAGt < 1:4258/150‑1 (MQ=255) aaTAACTCTGTGGTAATATCTTTTTAAACATTGAAGAGATTGCTATTTAATTACAGTTGAATATATTTGTGTATATTGTGAGTTTTGCCGAAGAAGCCAAAGCTGTGAGCTGTTCGGACTTTTTTAATATATTTTTTTCATTAGTTtata > 1:615009/1‑150 (MQ=255) 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ttCGGACTTTTTTAATATATTTTTTTCATTAGTTTATACTATTAAAGACAAAATATAACGACAATAATTAAAGTAAAGACAATAATTAAAAGAAAATAGATAAAAGATGACAAGATAAGAAGGCGAATATGAATGGGAGAGTTTGCAAAt > 1:586868/1‑150 (MQ=255) | TTTAAAATAACTATTGAACAGTAAATAACTCTGTGGTAATATCTTTTTAAACATTGAAGAGATTGCTATTTAATTACAGTTGAATATATTTGTGTATATTGTGAGTTTTGCCGAAGAAGCCAAAGCTGTGAGCTGTTCGGCCTTTTTTAATATATTTTTTTCATTAGTTTATACTATTAAAGACAAAATATAACGACAATAATTAAAGTAAAGACAATAATTAAAAGAAAATAGATAAAAGATGACAAGATAAGAAGGCGAATATGAATGGGAGAGTTTGCAAAT > CP002416/203270‑203554 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |