| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP002416 | = 35798 | 2 (0.020) | 148 (1.320) | 107/290 | 0.1 | 98.7% | intergenic (+67/‑191) | Clo1313_0033/Clo1313_0034 | Peptidoglycan‑binding lysin domain/4‑diphosphocytidyl‑2C‑methyl‑D‑erythritol kinase |
| ? | CP002416 | = 3041052 | NA (NA) | intergenic (‑126/+95) | Clo1313_2585/Clo1313_2586 | transposase IS200‑family protein/copper amine oxidase‑like domain‑containing protein | |||||
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
GGATATTTTAAGAGTTAACGAGTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP002416/35647‑35798‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttgtTTAAAGAAAACCACTGGCTATGCCAGTGGTTCTAAAGAGACAGTGTCTATGAGTAGAAAAAAGTAACCTCCTTTGTTACAATAATGTAGGTTCGCCAACTACATTAAAAACAAAGGAGGTATCACGATGCGTGATAATGCTAGTTTAGC < CP002416/3041052‑3040904 GGATATTTTAAGAGTTAACGAGTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTT < 1:2304729/150‑1 ATTTTAAGAGTTAACGAGTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTT > 1:2055459/1‑150 ATTTTAAGAGTTAACGAGTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTT > 1:412586/1‑150 TTTAAGAGTTAACGAGTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAA > 1:2580926/1‑150 AAGAGTTAACGAGTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGA > 1:134812/1‑150 AGTTAACGAGTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAA < 1:2255218/150‑1 TTAACGAGTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACC > 1:1251755/1‑150 TAACGAGTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACCA < 1:892189/150‑1 AACGAGTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACCAC > 1:1186334/1‑150 GAGTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGATGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACCACTGG > 1:2771846/1‑150 GAGTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACCACTGG < 1:105362/150‑1 TTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACCACTGGCTA < 1:851063/150‑1 TTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACCACTGGCTA < 1:703749/150‑1 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1:689510/150‑3 ATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACCACTGGCTATGCCAGTGGTTCTAAAGAGACAGTGTCTATGAGTAG > 1:335807/1‑150 TAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACCACTGGCTATGCCAGTGGTTCTAAAGAGACAGTGTCTATGAGTAGA > 1:1955691/1‑150 ATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACCACTGGCTATGCCAGTGGTTCTAAAGAGACAGTGTCTATGAGTAGAAA > 1:2488778/1‑150 AGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACCACTGGCTATGCCAGTGGTTCTAAAGAGACAGTGTCTATGAGTAGAAAAA > 1:2336682/1‑150 GTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACCACTGGCTATGCCAGTGGTTCTAAAGAGACAGTGTCTATGAGTAGAAAAAA < 1:434477/150‑1 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CP002416/35647‑35798‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttgtTTAAAGAAAACCACTGGCTATGCCAGTGGTTCTAAAGAGACAGTGTCTATGAGTAGAAAAAAGTAACCTCCTTTGTTACAATAATGTAGGTTCGCCAACTACATTAAAAACAAAGGAGGTATCACGATGCGTGATAATGCTAGTTTAGC < CP002416/3041052‑3040904 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |