| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP002416 | 677,287 | A→G | intergenic (+931/+1716) | Clo1313_0606 → / ← Clo1313_0609 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP002416 | 677,287 | 0 | A | G | 99.5% | 711.9 / NA | 194 | intergenic (+931/+1716) | Clo1313_0606/Clo1313_0609 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (89/104); minor base C (1/0); total (90/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
TCAAAAGCTCTAAAGGAAAATGTTGTGGATATCGGTAAAAGTACAGTTTGCAATCTCTTAAAAAAAAGAAACACTGGTTGTTGACAAAAAGACAGTAACAGTTGTTTGCATTGATGATTTTGCTATTAAAAAGCGAAAAAGCTATGGAACAATTATGATAGATATTTTTACGCATCAAATACTTGATATGATTGACTCAAGGGATTATGAGACTGTTTGCGAGTGGTTAAAAACATATCCAAATCTTAGTGTGATATCAAGAGATGGATCTGTTATCTATAATAATGCAATT > CP002416/677140‑677431 | cAAAAGCTCTAAAGGAAAATGTTGTGGATATCGGTAAAAGTACAGTTTGCAATCTCTTAAAAAAAAGAAACACTGGTTGTTGACAAAAAGACAGTAACAGTTGTTTGCATTGATGATTTTGCTATTAAAAAGCGAAAAAGCTATGGGACaa > 1:3947079/1‑151 (MQ=255) aGCTCTAAAGGAAAATGTTGTGGATATCGGTAAAAGTACAGTTTGCAATCTCTTAAAAAAAAGAAACACTGGTTGTTGACAAAAAGACAGTAACAGTTGTTTGCATTGATGATTTTGCTATTAAAAAGCGAAAAAGCTATGGGACAATTAt > 1:3047840/1‑151 (MQ=255) gctcagaaGGAAAATGTAGTGGATATCGGTAAAAGTACAGTTTGCAATATCTTAAAAAAAAGAAACACAGGTTGTTGACAAAAAGACAGTAACAGTTGTTTGCATTGATGATTTTGCTATTAAAAAGCGAAAAAGCTATGGGAAAATTAta < 1:467750/145‑2 (MQ=11) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |