| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | CP002416 | 953494 = | NA (NA) | 189 (1.070) | 133/296 | 0.2 | 100% | coding (94/99 nt) | Clo1313_0826 | hypothetical protein |
| ? | CP002416 | = 1600197 | 0 (0.000) | intergenic (+140/+53) | Clo1313_1356/Clo1313_1357 | Pyruvate/ketoisovalerate oxidoreductase, catalytic domain/glutamine synthetase catalytic region | |||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
CTAAACTAGCATTATCACGCATCGTGATACCTCCTTTGTTTTTAATGTAGTTGGCAAACCTACATTATTGTAACAAAGGAGGTTACTTTTTTCTACTCATAGACACTGTCTCTTTAGAACCACTGGCATAGCCAGTGGTTTTCTTTAAACaa‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP002416/953643‑953494‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAAAAGGCCCTCCTCTCAATAAGGAGGGCTTTATCAATGATTTCACATTAAAATGCAAAAAAGCCGTATTTCGAATTTAATAATGTTTAATATTAATTAATAATGCTTAATATCAAATAATTGTAGCATTAATTAAGCATTAACATTCATA < CP002416/1600197‑1600046 CTAAACTAGCATTATCACGCATCGTGATACCTCCTTTGTTTTTAATGTAGTTGGCAAACCTACATTATTGTAACAAAGGAGGTTACTTTTTTCTACTCATAGACACTGTCTCTTTAGAACCACTGGCATAGCCAGTGGTTTTCTTTAAACA > 1:919941/1‑151CTAAACTAGCATTATCACGCATCGTGATACCTCCTTTGTTTTTAATGTAGTTGGCAAACCTACATTATTGTAACAAAGGAGGTTACTTTTTTCTACTCATAGACACTGTCTCTTTAGAACCACTGGCATAGCCAGTGGTTTTCTTTAAACA < 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> 1:522224/1‑151 GTTTTCTTTAAACAAAAAAGGCCCTCCTCTCAATAAGGAGGGCTTTATCAATGATTTCACATTAAAATGCAAAAAAGCCGTATTTCGAATTTAATAATGTTTAATATTAATTAATAATGCTTAATATCAAATAATTGTAGCATTAATTAAG > 1:2427210/1‑151 TTCTTTAAACAAAAAAGGCCCTCCTCTCAATAAGGAGGGCTTTATCAATGATTTCACATTAAAATGCAAAAAAGCCGTATTTCGAATTTAATAATGTTTAATATTAATTAATAATGCTTAATATCAAATAATTGTAGCATTAATTAAGCAT > 1:1849310/1‑151 CTTTAAACAAAAAAGGCCCTCCTCTCAATAAGGAGGGCTTTATCAATGATTTCACATTAAAATGCAAAAAAGCCGTATTTCGAATTTAATAATGTTTAATATTAATTAATAATGCTTAATATCAAATAATTGTAGCATTAATTAAGCATTA > 1:4067047/1‑151 TTAAACAAAAAAGGCCCTCCTCTCAATAAGGAGGGCTTTATCAATGATTTCACATTAAAATGCAAAAAAGCCGTATTTCGAATTTAATAATGTTTAATATTAATTAATAATGCTTAATATCAAATAATTGTAGCATTAATTAAGCATTAAC < 1:1645640/151‑1 CAAAAAAGGCCCTCCTCTCAATAAGGAGGGCTTTATCAATGATTTCACATTAAAATGCAAAAAAGCCGTATTTCGAATTTAATAATGTTTAATATTAATTAATAATGCTTAATATCAAATAATTGTAGCATTAATTAAGCATTAACATTCA > 1:1141338/1‑151 AAAAAAGGCCCTCCTCTCAATAAGGAGGGCTTTATCAATGATTTCACATTAAAATGCAAAAAAGCCGTATTTCGAATTTAATAATGTTTAATATTAATTAATAATGCTTAATATCAAATAATTGTAGCATTAATTAAGCATTAACATTCAT < 1:3305861/151‑1 AAAAAGGCCCTCCTCTCAATAAGGAGGGCTTTATCAATGATTTCACATTAAAATGCAAAAAAGCCGTATTTCGAATTTAATAATGTTTAATATTAATTAATAATGCTTAATATCAAATAATTGTAGCATTAATTAAGCATTAACATTCATA < 1:4102282/151‑1 CTAAACTAGCATTATCACGCATCGTGATACCTCCTTTGTTTTTAATGTAGTTGGCAAACCTACATTATTGTAACAAAGGAGGTTACTTTTTTCTACTCATAGACACTGTCTCTTTAGAACCACTGGCATAGCCAGTGGTTTTCTTTAAACaa‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP002416/953643‑953494‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAAAAGGCCCTCCTCTCAATAAGGAGGGCTTTATCAATGATTTCACATTAAAATGCAAAAAAGCCGTATTTCGAATTTAATAATGTTTAATATTAATTAATAATGCTTAATATCAAATAATTGTAGCATTAATTAAGCATTAACATTCATA < CP002416/1600197‑1600046 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |