| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP002416 | = 3474171 | 105 (1.090) | 17 (0.220) | 17/242 | 7.4 | 16.9% | intergenic (‑737/+109) | Clo1313_2959/Clo1313_2961 | CheW protein/integrase family protein |
| ? | CP002416 | = 3475049 | 81 (1.030) | intergenic (‑209/‑192) | Clo1313_2961/Clo1313_2962 | integrase family protein/transcriptional regulator, AraC family | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
TTCATAGTGTTTTCACACCAGCTCTCTAGCTTTGCCGACCAATCCTTCAACGAACTTGGTTTTTAAAGTTTATATAAACACTAACTCAGTATTTCTAATATGTCGATTTTTCACTTTATTAATGTAACAATATGCCCATTTTGTTACTTTAAAAATATACTTCGACATGATATTTTTTTT‑CCTGCATATTTTAAATTTTTTATAAAATAAATAATACCCCCAAACCATTTGCTTGATTGTTTGGGGGTTTTTACCGTTCTAAAACTGAACCAAAGAATACAGTTCGTCTTTTTGGTCC > CP002416/3474022‑3474319 | ttCATAGTGTTTTCACACCAGCTCTCTAGCTTTGCCGACCAATCCTTCAACGAACTTGGTTTTTAAAGTTTATATAAACACTAACTCAGTATTTCTAATATGTCGATTTTTCACTTTATTAATGTAACAATATGCCCATTTTGTTACttt < 1:1705725/150‑1 (MQ=255) cATAGTGTTTTCACACCAGCTCTCTAGCTTTGCCGACCAATCCTTCAACGAACTTGGTTTTTAAAGTTTATATAAACACTAACTCAGTATTTCTAATATGTCGATTTTTCACTTTATTAATGTAACAATATGCCCATTTTGTTACTTTaa > 1:1705709/1‑150 (MQ=255) aTAGTGTTTTCACACCAGCTCTCTAGCTTTGCCGACCAATCCTTCAACGAACTTGGTTTTTAAAGTTTATATAAACACTAACTCAGTATTTCTAATATGTCGATTTTTCACTTTATTAATGTAACAATATGCCCTTTTTGTTACTTTaaa > 1:1705142/1‑150 (MQ=255) tAGTGTTTTCACGCCAGCTCTCTAGCTTTGCCGACCAATCCTTCAACCAACTTGGTTTTTAAAGTTTATATAAACACTAACTCAGTATTTCTAATATGTCGATTTTTCACTTTATTAATGTAACAATATGCCCATTTTGTTACtttggca < 1:1705358/150‑5 (MQ=255) tAGTGTTTTCACACCAGCTCTCTAGCTTTGCCGACCAATCCTTCAACGAACTTGGTTTTTAAAGTTTATATAAACACTAACTCAGTATTTCTAATATGTCGATTTTTCACTTTATTAATGTAACAATATGCCCATTTTGTTACTTTaaaa < 1:1705354/150‑1 (MQ=255) tAGTGTTTTCACACCAGCTCTCTAGCTTTGCCGACCAATCCTTCAACGAACTTGGTTTTTAAAGTTTATATAAACACTAACTCAGTATTTCTAATATGTCGATTTTTCACTTTATTAATGTAACAATATGCCCATTTTGTTACTTTaaaa < 1:1705723/150‑1 (MQ=255) gtgtTTTCACACCAGCTCTCTAGCTTTGCCGACCAATCCTTCAACGAACTTGGTTTTTAAAGTTTATATAAACACTAACTCAGTATTTCTAATATGTCGATTTTTCACTTTATTAATGTAACAATATGCCCATTTTGTTACTTTAAAAat < 1:1705721/150‑1 (MQ=255) gtgtTTTCACACCAGCTCTCTAGCTTTGCCGACCAATCATTCAACGAACTTGGTTTTTAAAGTTTATATAAACACTAACTCAGTATTTCTAATATGTCGATTTTTCACTTTATTAATGTAACAATATGCCCATTTTGTTACTTTAAAAat < 1:1705313/150‑1 (MQ=255) tgtTTTCACACCAGCTCTCTAGCTTTGCCGACCAATCCTTCAACGAACTTGGTTTTTAAAGTTTATATAAACACTAACTCAGTATTTCTAATATGTCGATTTTTCACTTTATTAATGTAACAATATGCCCATTTTGTTACTTTAAAAata > 1:1705711/1‑150 (MQ=255) gtTTTCACACCAGCTCTCTAGCTTTGCCGACCAATCCTTCAACGAACTTGGTTTTTAAAGTTTATATAAACACTAACTCAGTATTTCTAATATGTCGATTTTTCACTTTATTAATGTAACAATATGCCCATTTTGTTACTTTAAAAatat < 1:1705378/150‑1 (MQ=255) gtTTTCACACCAGCTCTCTAGCTTTGCCGACCAATCCTTCAACGAACTTGGTTTTTAAAGTTTATATAAACACTAACTCAGTATTTCTAATATGTCGATTTTTCACTTTATTAATGTAACAATATGCCCATTTTGTTACTTTAAAAatat < 1:1705380/150‑1 (MQ=255) tttCACACCAGCTCTCTAGCTTTGCCGACCAATCCTTCAACGAACTTGGTTTTTAAAGTTTATATAAACACTAACTCAGTATTTCTAATATGTCGATTTTTCACTTTATTAATGTAACAATATGCCCATTTTGTTACTTTAAAAATATAc > 1:1705138/1‑150 (MQ=255) tttCACACCAGCTCTCTAGCTTTGCCGACCAATCCTTCAACGAACTTGGTTTTTAAAGTTTATATAAACACTAACTCAGTATTTCTAATATGTCGATTTTTCACTTTATTAATGTAACAATATGCCCATTTTGTTACTTTAAAAATATAc > 1:1704918/1‑150 (MQ=255) 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ttAAAAATATACTTCGACATGATATTTTTTTTTCCTGCATATTTTAAATTTTTTATAAAATAAATAATACCCCCAAACCATTTGCTTGATTGTTTGGGGGTTTTTACCGTTCTAAAACTGAACCAAAGAATACAGTTCGTCTTTT‑GGTcc < 1:1705059/150‑1 (MQ=255) tAAAAATATACTTCGACATGATATTTTTTTTTCCTGCATATTTTAAATTTTTTATAAAATAAATAATACCCCCAAACCATTTGCTTGATTGTTTGGGGGTTTTTACCGTTCTAAAACTGAACCAAAGAATACAGTTCGTCTTTTTGGTcc > 1:1705234/1‑150 (MQ=255) | TTCATAGTGTTTTCACACCAGCTCTCTAGCTTTGCCGACCAATCCTTCAACGAACTTGGTTTTTAAAGTTTATATAAACACTAACTCAGTATTTCTAATATGTCGATTTTTCACTTTATTAATGTAACAATATGCCCATTTTGTTACTTTAAAAATATACTTCGACATGATATTTTTTTT‑CCTGCATATTTTAAATTTTTTATAAAATAAATAATACCCCCAAACCATTTGCTTGATTGTTTGGGGGTTTTTACCGTTCTAAAACTGAACCAAAGAATACAGTTCGTCTTTTTGGTCC > CP002416/3474022‑3474319 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |