Predicted mutation
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RA	CP002416	2,964,040	G→T	intergenic (‑2256/+1569)	Clo1313_2526 ← / ← Clo1313_2528	hypothetical protein/hypothetical protein

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP002416	2,964,040	0	G	T	100.0%	56.9 / NA	29	intergenic (‑2256/+1569)	Clo1313_2526/Clo1313_2528	hypothetical protein/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base T (12/17);  total (12/17)

CAATCTTTGCCACAGTCTCTACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTGGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTATTTGCTTTTATTTTTTCT  >  CP002416/2963985‑2964154                                                        |                                                                                                                   aaaTCTGTGCCACAGTCTCTACCGACTTTTTCATTACAATCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAAACTCTTAATCTATCGTTAACGATCTTTATAAGCGTATTCTTATCCTCCAATTCtttttt                     >  1:2970148/2‑151 (MQ=11)  aaTCTTTGCCACAGTCTCTACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTa                    >  1:1046615/1‑151 (MQ=14)  aaTCTTTGCCACAGTCTCTACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTa                    >  1:712675/1‑151 (MQ=14)  aaTCTTTGCCACAGTCTCTACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTa                    <  1:3467877/151‑1 (MQ=14)  aaTCTTTGCCACAGTCTCTACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTa                    >  1:2289008/1‑151 (MQ=14)   aTCTTTGCCACAGTCTCTACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTAt                   >  1:81803/1‑151 (MQ=14)   aTCTTTGCCACAGTCTCTACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTACTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTAt                   <  1:2774204/151‑1 (MQ=9)    tCTTTGCCACAGTCTCTACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTAtt                  >  1:3251442/1‑151 (MQ=17)     cTTTGCCACAGTCTCTACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTAttt                 <  1:2156554/151‑1 (MQ=18)      tttGCCACAGTCTCTACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTATTTg                >  1:2234144/1‑151 (MQ=18)      tttGCCACAGTCTCTACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTATTTg                <  1:266643/151‑1 (MQ=18)      tttGCCACAGTCTCTACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTATTTg                <  1:2361965/151‑1 (MQ=18)         gCCACAGTCTCTACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTGCAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTATTTGCtt             <  1:1504794/151‑1 (MQ=16)           cacaGTCTCTACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTATTTGCtttt           >  1:1432118/1‑151 (MQ=18)           cacaGTCTCTACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTATTTGCtttt           <  1:3139069/151‑1 (MQ=18)           cacaGTCTCTACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTATTTGCtttt           <  1:447509/151‑1 (MQ=18)             caGTCTCTACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTATTTGCTTTTAt         >  1:1608708/1‑151 (MQ=18)             caGTCTCTACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTATTTGCTTTTAt         <  1:2091812/151‑1 (MQ=18)             caGTCTCTACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTATTTGCTTTTAt         <  1:2072281/151‑1 (MQ=18)              aGTCTCTACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTATTTGCTTTTAtt        <  1:1220264/151‑1 (MQ=18)               gTCTCTACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTATTTGCTTTTAttt       <  1:1817092/151‑1 (MQ=18)                 ctctACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTATTTGCTTTTAttttt     <  1:1424526/151‑1 (MQ=17)                 ctctACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTATTTGCTTTTAttttt     <  1:2255448/151‑1 (MQ=17)                  tctACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTATTTGCTTTTAtttttt    >  1:2419959/1‑151 (MQ=14)                   ctACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTATTTGCTTTTATTTtttc   >  1:3435253/1‑151 (MQ=14)                   ctACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTATTTGCTTTTATTTtttc   <  1:2394170/151‑1 (MQ=14)                    tACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTATTTGCTTTTATTTtttct  <  1:424343/151‑1 (MQ=11)                    tACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTATTTGCTTTTATTTtttct  <  1:1579066/151‑1 (MQ=11)                    tACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTTGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTATTTGCTTTTATTTtttct  >  1:1683235/1‑151 (MQ=11)                                                        |                                                                                                                   CAATCTTTGCCACAGTCTCTACCGACTTTTTCATTACAGTCTCAAGTGCATTCCTGGCTTCCTCTACAGCTTTTATGGTTTTGTCAATATAACCTATTAATCTATCGTTAACGTTCTTTATAAGTGTCTTCTTATCCTCCAATTCTTTTTTATTTGCTTTTATTTTTTCT  >  CP002416/2963985‑2964154

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑