| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP002416 | 918,048 | G→T | G33W (GGG→TGG) | Clo1313_0794 → | polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP002416 | 918,048 | 0 | G | T | 99.2% | 478.9 / ‑6.2 | 125 | G33W (GGG→TGG) | Clo1313_0794 | polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (63/61); minor base C (0/1); total (63/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
GCGGAAGGCAGGTCTTTCGTCTATCCGCTTGTATATTGAGGTAAAAGGGATATGAATGAGGTTCTTGTAATTGTCGGTCGACTGTCCGAGAGTTTTATACTCAACTGCAAACTTTTTATATTAACGCTTTTGTTTGCACTGCCTTTGGGGATGATAATTGCTTTTGGTTCGATGAGCCGTTTTTATCCTCTTCGGTGGTTGGTGCGGACTTTTGTCTGGGTAATCCGGGGAACGCCCCTGATGCTGCAGCTTATAATAATTTTTTTTGGCCCGGGTCTTTTAAATATGCCTTT > CP002416/917901‑918193 | gCGGAAGGCAGGTCTTTCGTCTATCCGCTTGTATATTGAGGTAAAAGGGATATGAATGAGGTTCTTGTAATTGTCGGTCGACTGTCCGAGAGTTTTATACTCAACTGCAAACTTTTTATATTAACGCTTTTGTTTGCACTGCCTTTGTGga < 1:1760341/151‑1 (MQ=255) cGGAAGGCAGGTCTTTCGTCTATCCGCTTGTATATTGAGGTAAAAGGGATATGAATGAGGTTCTTGTAATTGTCGGTCGACTGTCCGAGAGTTTTATACTCAACTGCAAACTTTTTATATTAACGCTTTTGTTTGCACTGCCTTTGTGgat < 1:3072993/151‑1 (MQ=255) ggAAGGCAGGTCTTTCGTCTATCCGCTTGTATATTGAGGTAAAAGGGATATGAATGAGGTTCTTGTAATTGTCGGTCGACTGTCCGAGAGTTTTATACTCAACTGCAAACTTTTTATATTAACGCTTTTGTTTGCACTGCCTTTGTGgatg < 1:3237513/151‑1 (MQ=255) 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gCACTGCCTTTGTGGATGATAATTGCTTTTGGTTCGATGAGCCGTTTTTATCCTCTTCGGTGGTTGGTGCGGACTTTTGTCTGGGTAATCCGGGGAACGCCCCTGATGCTGCAGCTTATAATAATTTTTTTTGGCCCGGGTCTTTTAAata < 1:1588386/151‑1 (MQ=255) gCACTGCCTTTGTGGATGATAATTGCTTTTGGTTCGATGAGCCGTTTTTATCCTCTTCGGTGGTTGGTGCGGACTTTTGTCTGGGTAATCCGGGGAACGCCCCTGATGCTGCAGCTTATAATAATTTTTTTTGGCCCGGGTCTTTTAAata > 1:3384228/1‑151 (MQ=255) cACTGCCTTTGTGGATGATAATTGCTTTTGGTTCGATGAGCCGTTTTTATCCTCTTCGGTGGTTGGTGCGGACTTTTGTCTGGGTAATCCGGGGAACGCCCCTGATGCTGCAGCTTATAATAATTTTTTTTGGCCCGGGTCTTTTAAatat > 1:3276705/1‑151 (MQ=255) aCTGCCTTTGTGGATGATAATTGCTTTTGGTTCGATGAGCCGTTTTTATCCTCTTCGGTGGTTGGTGCGGACTTTTGTCTGGGTAATCCGGGGAACGCCCCTGATGCTGCAGCTTATAATAATTTTTTTTGGCCCGGGTCTTTTAAATATg > 1:766581/1‑151 (MQ=255) aCTGCCTTTGTGGATGATAATTGCTTTTGGTTCGATGAGCCGTTTTTATCCTCTTCGGTGGTTGGTGCGGACTTTTGTCTGGGTAATCCGGGGAACGCCCCTGATGCTGCAGCTTATAATAATTTTTTTTGGCCCGGGTCTTTTAAATATg > 1:1789488/1‑151 (MQ=255) aCTGCCTTTGTGGATGATAATTGCTTTTGGTTCGATGAGCCGTTTTTATCCTCTTCGGTGGTTGGTGCGGACTTTTGTCTGGGTAATCCGGGGAACGCCCCTGATGCTGCAGCTTATAATAATTTTTTTTGGCCCGGGTCTTTTAAATATg < 1:2015155/151‑1 (MQ=255) aCTGCCTTTGTGGATGATAATTGCTTTTGGTTCGATGAGCCGTTTTTATCCTCTTCGGTGGTTGGTGCGGACTTTTGTCTGGGTAATCCGGGGAACGCCCCTGATGCTGCAGCTTATAATAATTTTTTTTGGCCCGGGTCTTTTAAATATg > 1:2703372/1‑151 (MQ=255) ccTTTGTGGATGATAATTGCTTTTGGTTCGATGAGCCGTTTTTATCCTCTTCGGTGGTTGGTGCGGACTTTTGTCTGGGTAATCCGGGGAACGCCCCTGATGCTGCAGCTTATAATAATTTTTTTTGGCCCGGGTCTTTTAAATATGCCtt < 1:1584710/151‑1 (MQ=255) ccTTTGTGGATGATAATTGCTTTTGGTTCGATGAGCCGTTTTTATCCTCTTCGGTGGTTGGTGCGGACTTTTGTCTGGGTAATCCGGGGAACGCCCCTGATGCTGCAGCTTATAATAATTTTTTTTGGCCCGGGTCTTTTAAATATGCCtt < 1:1438146/151‑1 (MQ=255) ccTTTGTGGATGATAATTGCTTTTGGTTCGATGAGCCGTTTTTATCCTCTTCGGTGGTTGGTGCGGACTTTTGTCTGGGTAATCCGGGGAACGCCCCTGATGCTGCAGCTTATAATAATTTTTTTTGGCCCGGGTCTTTTAAATATGCCtt > 1:1873301/1‑151 (MQ=255) cTTTGTGGATGATAATTGCTTTTGGTTCGATTAGCCGTTTTTATCCTCTTCGGTGGTTGGTGCGGACTTTTGTCTGGGTAATCCGGGGAACGCCCCTGATGCTGCAGCTTATAATAATTTTTTTTGGCCCGGGTCTTTTAAATATGCCttg > 1:2867854/1‑150 (MQ=255) cTTTGTGGATGATAATTGCTTTTGGTTCGATGAGCCGTTTTTATCCTCTTCGGTGGTTGGTGCGGCCTTTTGTCTGGGTAATCCGGGGAACGCCCCTGATGCTGCAGCTTATAATAATTTTTTTTGGCCCGGGTCTTTTAAATATGCCttt > 1:3436661/1‑151 (MQ=255) | GCGGAAGGCAGGTCTTTCGTCTATCCGCTTGTATATTGAGGTAAAAGGGATATGAATGAGGTTCTTGTAATTGTCGGTCGACTGTCCGAGAGTTTTATACTCAACTGCAAACTTTTTATATTAACGCTTTTGTTTGCACTGCCTTTGGGGATGATAATTGCTTTTGGTTCGATGAGCCGTTTTTATCCTCTTCGGTGGTTGGTGCGGACTTTTGTCTGGGTAATCCGGGGAACGCCCCTGATGCTGCAGCTTATAATAATTTTTTTTGGCCCGGGTCTTTTAAATATGCCTTT > CP002416/917901‑918193 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |