Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0024161,198,4340CT48.5% 12.4 / 50.7 33Y1081Y (TAC→TAT) Clo1313_1021PKD domain containing protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (12/5);  new base T (11/5);  total (23/10)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.88e-01
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

CTCATCGTAAAAGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTACAGCCACAATGGCCGTCTT  >  CP002416/1198285‑1198452
                                                                                                                                                     |                  
cTCATCGTAAAAGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTACa                   >  1:2616454/1‑151 (MQ=35)
cTCATCGTAAAAGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTACa                   >  1:2559361/1‑151 (MQ=35)
 tCATCGTAAAAGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTACAg                  >  1:1038872/1‑151 (MQ=35)
 tCATCGTAAAAGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTACAg                  <  1:278840/151‑1 (MQ=35)
 tCATCGTAAAAGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTACAg                  >  1:1402747/1‑151 (MQ=35)
     cGTAAAAGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTATAGCcac              >  1:3322049/1‑151 (MQ=18)
     cGTAAAAGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTATAGCcac              >  1:1330575/1‑151 (MQ=18)
     cGTAAAAGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTACAGCcac              >  1:1646098/1‑151 (MQ=33)
      gTAAAAGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTATAGCcaca             >  1:1958068/1‑151 (MQ=17)
      gTAAAAGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGGGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTACAGCcaca             <  1:2843956/151‑1 (MQ=17)
       tAAAAGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTATAGCCACaa            >  1:344559/1‑151 (MQ=17)
       tAAAAGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTATAGCCACaa            >  1:2942995/1‑151 (MQ=17)
       tAAAAGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTATAGCCACaa            >  1:257979/1‑151 (MQ=17)
        aaaaGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTACAGCCACAAt           >  1:1979027/1‑151 (MQ=32)
        aaaaGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGAAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTACAGCCACAAt           >  1:1429056/1‑151 (MQ=17)
         aaaGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTATAGCCACAATg          <  1:574700/151‑1 (MQ=17)
         aaaGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTATAGCCACAATg          <  1:733307/151‑1 (MQ=17)
         aaaGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTATAGCCACAATg          >  1:1483368/1‑151 (MQ=17)
          gaGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGAAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTACAGCCACAATgg         >  1:719587/2‑151 (MQ=17)
          aaGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTATAGCCACAATgg         >  1:2629675/1‑151 (MQ=17)
          aaGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTATAGCCACAATgg         <  1:3397458/151‑1 (MQ=17)
          aaGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTACAGCCACAATgg         >  1:2647999/1‑151 (MQ=32)
           aGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTACAGCCACAATGGc        >  1:3095091/1‑151 (MQ=32)
            ggAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTATAGCCACAATGGcc       >  1:2256805/1‑151 (MQ=17)
            ggAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTACAGCCACAATGGcc       <  1:3166395/151‑1 (MQ=32)
             gagaTTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTATAGCCACAATGGCCg      <  1:1296817/151‑1 (MQ=17)
             gagaTTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTACAGCCACAATGGCCg      <  1:3470018/151‑1 (MQ=32)
                aTTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTATAGCCACAATGGCCGTCt   >  1:1173732/1‑151 (MQ=14)
                aTTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTACAGCCACAATGGCCGTCt   >  1:2680651/1‑151 (MQ=31)
                 ttATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTATAGCCACAATGGCCGTCtt  <  1:232213/151‑1 (MQ=11)
                 ttATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTATAGCCACAATGGCCGTCtt  >  1:1894516/1‑151 (MQ=11)
                 ttATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTACAGCCACAATGGCCGTCtt  >  1:1981859/1‑151 (MQ=11)
                 ttATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTACAGCCACAATGGCCGTCtt  <  1:3316984/151‑1 (MQ=11)
                                                                                                                                                     |                  
CTCATCGTAAAAGGAGATTATAGAATTCAAAAGGAAAGTGTAAATGCGCAAGGTCAAATAACATATGGTGGTAGCGATGGAATCCTTCACATGACAAATGAGAATGATTATGTTTGTGTGGAAGGGAATTTTGTAACGCAGTCGTATTACAGCCACAATGGCCGTCTT  >  CP002416/1198285‑1198452

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑