| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP002416 | 448224 = | 73 (0.500) | 77 (0.680) | 62/234 | 1.7 | 52.0% | intergenic (‑386/‑1103) | Clo1313_0403/Clo1313_0405 | lysyl‑tRNA synthetase/CheW protein |
| ? | CP002416 | 448695 = | 85 (0.750) | intergenic (‑857/‑632) | Clo1313_0403/Clo1313_0405 | lysyl‑tRNA synthetase/CheW protein | |||||
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TTTACATCAGGAATTCAAAAAAATTTCCTGAAACATGTAATTGAGTTGAGAGTATTATCTCATATGTACTATAAGGCAGGGAATTAGCTGCATATTTAACAAGTTGTGTGATGATACTCTTTTTAATGGAAGGAATAATTTTCCTGAAAATTAATGTAACAATATGCTCATTTTGTTACTTTAAAATTATACTTCGACGCAATATTTATTTTTCCTGCATATTTTGCATTTTTTATAAAATAAATAAAAAGCTCAAACTATTTAGTTGATTATTTGGAGCTTTATACCATACTTAATTGTT > CP002416/448074‑448374 | gcaccggatttttgtgttaattaggtcaacttgagctttgtcagttttggtcttcgcaaaaatatgttttgatactaattattacaattttaatttcaattttcataagtactaattatatatttttttatatggtccttccactttTTaa > 1:1016543‑M1/148‑151 (MQ=255) caccggatttttgtgttaattaggtcaacttgagctttgtcagttttggtcttcgcaaaaatatgttttgatactaattattacaattttaatttcaatttacataagtactaattatatatttttttatatggtccttccactttTTAAt < 1:80841‑M1/5‑1 (MQ=255) cggatttttgtgttaattaggtcgacttgagctttgtcagttttggtcttcgcacaaatatgttttgatactaattattacaattttaatttcaatttagataagtactaattatatatttttttatatggtccttccactttTTAATGTa > 1:339199‑M1/144‑151 (MQ=255) 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tCAAAAAAATTTCCTGAAACATGTAATTGAGTTGAGAGTATTATCTCATATGTACTATAAGGCAGGGAATTAGCTGCATATTTAACAAGTTGTGTGATGATACTCTTTTTAATGGAAGGAATAATTTTCCTGAAAATTAATGTAACAATAT > 1:3460920‑M1/1‑151 (MQ=255) cAAAAAAATTTCCTGAAACATGTAATTGAGTTGAGAGTATTATCTCATATGTACTATAAGGCAGGGAATTAGCTGCATATTTAACAAGTTGTGTGATGATACTCTTTTTAATGGAAGGAATAATTTTCCTGAAAATTAATGTAACAATATG > 1:2598285‑M1/1‑151 (MQ=255) cAAAAAAATTTCCTGAAACATGTAATTGAGTTGAGAGTATTATCTCATATGTACTATAAGGCAGGGAATTAGCTGCATA‑TTAACAAGTTGTGTGATGATACTCTTTTTAATGGAAGGAATAATTTTCCTGAAAATTAATGTAACAATATGC < 1:487461‑M1/151‑1 (MQ=255) aaaaaaTTTCCTGAAACATGTAATTGAGTTGAGAGTATTATCTCATATGTACTATAAGGCAGGGAATTAGCTGCATATTTAACAAGTTGTGTGATGATACTCTTTTTAATGGAAGGAATAATTTTCCTGAAAATTAATGTAACAATATGCT > 1:77421‑M1/1‑151 (MQ=255) gttaattaggtcaacttgagctttgtcagttttggtcttcgcaaaaatatgttttgatactaattattacaattttaatttcaatttacataagtactaattatatatttttttatatggtccttccactttTTAATGTAACAATATGCTc > 1:1614041‑M1/133‑151 (MQ=255) 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gagttgagAGTATTATCTCATATGTACTATAAGGCAGGGAATTAGCTGCATATTTAACAAGTTGTGTGATGATACTCTTTTTAATGGAAGGAATAATTTTCCTGAAAATTAATGTAACAATATGCTCATTTTGTTACTTTAAAATTATACt < 1:457376/151‑1 (MQ=255) agttgagAGTATTATCTCATATGTACTATAAGGCAGGGAATTAGCTGCATATTTAACAAGTTGTGTGATGATACTCTTTTTAATGGAAGGAATAATTTTCCTGAAAATTAATGTAACAATATGCTCATTTTGTTACTTTAttaatatattg < 1:305515‑M1/151‑12 (MQ=255) gttgagAGTATTATCTCATATGTACTATAAGGCAGGGAATTAGCTGCATATTTAACAAGTTGTGTGATGATACTCTTTTTAATGGAAGGAATAATTTTCCTGAAAATTAATGTAACAATATGCTCATTTTGTTACTTTAAAATTATACTTc > 1:3477648/1‑151 (MQ=255) tgagAGTATTATCTCATATGTACTATAAGGCAGGGAATTAGCTGCATATTTAACAAGTTGTGTGATGATACTCTTTTTAATGGAAGGAATAATTTTCCTGAAAATTAATGTAACAATATGCTCATTTTGTTACTTTAttaatatattgaaa > 1:3170403‑M1/1‑137 (MQ=255) tttggtcttcgcaaaaatatgttttgatactaattattacaattttaatttcaatttacataagtactaattatatatttttttatatggtccttccactttTTAATGTAACAATATGCTCATTTTGTTACTTTAAAATTATACTTCGACg > 1:1112589‑M1/103‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |