| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP002416 | 1438371 = | 0 (0.000) | 182 (1.270) | 124/296 | 0.1 | 100% | intergenic (+52/‑89) | Clo1313_1210/Clo1313_1211 | translation elongation factor Ts/uridylate kinase |
| ? | CP002416 | = 1618385 | NA (NA) | intergenic (+125/‑148) | Clo1313_1375/Clo1313_1376 | transposase IS200‑family protein/stage III sporulation protein AA | |||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
TTCCCCCGCCAAGGCCTCTCCGCTTATTTTCAACATAATTCTTTTATACTTCGGTTTCTGCATTAAAGATAATCCTCCGCTCCTAAATGTTATTCTAACATATAAACATTATAATTGGAAACAAATTTTATTAAAACAACAATAATCCCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP002416/1438522‑1438371‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaTCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGTGGTTTTATTTTTTGCTTTTATTTACTC < CP002416/1618385‑1618238 TTCCCCCGCCAAGGCCTCTCCGCTTATTTTCAACATAATTCTTTTATACTTCGGTTTCTGCATTAAAGATAATCCTCCGCTCCTAAATGTTATTCTAACATATAAACATTATAATTGGAAACAAATTTTATTAAAACAACAATAATCCCTA < 1:2292250/151‑1 TCCCCCGCCAAGGCCTCTCCGCTTATTTTCAACATAATTCTTTTATACTTCGGTTTCTGCATTAAAGATAATCCTCCGCTCCTAAATGTTATTCTAACATATAAACATTATAATTGGAAACAAATTTTATTAAAACAACAATAATCCCTAA > 1:1241319/1‑151 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TCTCCGCTTATTTTCAACATAATTCTTTTATACTTCGGTTTCTGCATTAAAGATAATCCTCCGCTCCTAAATGTTATTCTAACATATAAACATTATAATTGGAAACAAATTTTATTAAAACAACAATAATCCCTAATCATAACCACCGGCT < 1:889035/151‑1 TCTCCGCTTATTTTCAACATAATTCTTTTATACTTCGGTTTCTGCATTAAAGATAATCCTCCGCTCCTAAATGTTATTCTAACATATAAACATTATAATTGGAAACAAATTTTATTAAAACAACAATAATCCCTAATCATAACCACCGGCT > 1:1526623/1‑151 GCTTATTTTCAACATAATTCTTTTATACTTCGGTTTCTGCATTAAAGATAATCCTCCGCTCCTAAATGTTATTCTAACATATAAACATTATAATTGGAAACAAATTTTATTAAAACAACAATAATCCCTAATCATAACCACCGGCTCAGCC > 1:201917/1‑151 TTATTTTCAACATAATTCTTTTATACTTCGGTTTCTGCATTAAAGATAATCCTCCGCTCCTAAATGTTATTCTAACATATAAACATTATAATTGGAAACAAATTTTATTAAAACAACAATAATCCCTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGG < 1:2712188/151‑1 TATTTTCAACATAATTCTTTTATACTTCGGTTTCTGCATTAAAGATAATCCTCCGCTCCTAAATGTTATTCTAACATATAAACATTATAATTGGAAACAAATTTTATTAAAACAACAATAATCCCTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGT > 1:1567271/1‑151 TTTTCAACATAATTCTTTTATACTTCGGTTTCTGCATTAAAGATAATCCTCCGCTCCTAAATGTTATTCTAACATATAAACATTATAATTGGAAACAAATTTTATTAAAACAACAATAATCCCTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGG > 1:2763201/1‑151 TTCAACATAATTCTTTTATACTTCGGTTTCTGCATTAAAGATAATCCTCCGCTCCTAAATGTTATTCTAACATATAAACATTATAATTGGAAACAAATTTTATTAAAACAACAATAATCCCTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTT < 1:3144593/151‑1 TCAACATAATTCTTTTATACTTCGGTTTCTGCATTAAAGATAATCCTCCGCTCCTAAATGTTATTCTAACATATAAACATTATAATTGGAAACAAATTTTATTAAAACAACAATAATCCCTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTT < 1:510461/151‑1 ACATAATTCTTTTATACTTCGGTTTCTGCATTAAAGATAATCCTCCGCTCCTAAATGTTATTCTAACATATAAACATTATAATTGGAAACAAATTTTATTAAAACAACAATAATCCCTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCT > 1:1974896/1‑151 CATAATTCTTTTATACTTCGGTTTCTGCATTAAAGATAATCCTCCGCTCCTAAATGTTATTCTAACATATAAACATTATAATTGGAAACAAATTTTATTAAAACAACAATAATCCCTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTC < 1:2277677/151‑1 ATAATTCTTTTATACTTCGGTTTCTGCATTAAAGATAATCCTCCGCTCCTAAATGTTATTCTAACATATAAACATTATAATTGGAAACAAATTTTATTAAAACAACAATAATCCCTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCT < 1:2622885/151‑1 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< 1:1127355/151‑1 AAAGATAATCCTCCGCTCCTAAATGTTATTCTAACATATAAACATTATAATTGGAAACAAATTTTATTAAAACAACAATAATCCCTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGT < 1:437398/151‑1 ATAATCCTCCGCTCCTAAATGTTATTCTAACATATAAACATTATAATTGGAAACAAATTTTATTAAAACAACAATAATCCCTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTA < 1:543175/151‑1 CTCCGCTCCTAAATGTTATTCTAACATATAAACATTATAATTGGAAACAAATTTTATTAAAACAACAATAATCCCTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGC > 1:2610725/1‑151 CCGCTCCTAAATGTTATTCTAACATATAAACATTATAATTGGAAACAAATTTTATTAAAACAACAATAATCCCTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGT < 1:1005699/151‑1 CGCTCCTAAATGTTATTCTAACATATAAACATTATAATTGGAAACAAATTTTATTAAAACAACAATAATCCCTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTT > 1:2938603/1‑151 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< 1:642247/151‑1 CAACAATAATCCCTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGTGGTTTTATTTTTTG > 1:68432/1‑151 ccgcatcatgTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGTGGTTTTATTTTTTGCTT < 1:1714934/141‑1 CAATAATCCCTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGTGGTTTTATTTTTTGCTT < 1:135098/151‑1 CAATAATCCCTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGTGGTTTTATTTTTTGCTT < 1:818149/151‑1 CAATAATCCCTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGTGGTTTTATTTTTTGCTT < 1:2401407/151‑1 CAATAATCCCTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGTGGTTTTATTTTTTGCTT > 1:3285233/1‑151 atcatgTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGTGGTTTTATTTTTTGCTTTTAT < 1:410783/145‑1 atcatgTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGTGGTTTTATTTTTTGCTTTTAT < 1:2345005/145‑1 atcatgTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGTGGTTTTATTTTTTGCTTTTAT < 1:3087623/145‑1 tcatgTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGTGGTTTTATTTTTTGCTTTTATT < 1:1009552/146‑1 atgTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGTGGTTTTATTTTTTGCTTTTATTTA < 1:2542040/148‑1 atgTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGTGGTTTTATTTTTTGCTTTTATTTA < 1:623815/148‑1 CCCTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGTGGTTTTATTTTTTGCTTTTATTTA < 1:3355851/151‑1 CCCTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGTGGTTTTATTTTTTGCTTTTATTTA > 1:1467262/1‑151 CCTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGTGGTTTTATTTTTTGCTTTTATTTAC < 1:2941458/151‑1 CTAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGTGGTTTTATTTTTTGCTTTTATTTACT > 1:2171319/1‑151 TAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGTGGTTTTATTTTTTGCTTTTATTTACTC > 1:3291975/1‑151 TAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGTGGTTTTATTTTTTGCTTTTATTTACTC > 1:2855920/1‑151 TAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGTGGTTTTATTTTTTGCTTTTATTTACTC > 1:3148004/1‑151 TAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGTGGTTTTATTTTTTGCTTTTATTTACTC > 1:3426239/1‑151 TAATCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGAGGTTTTATTTTTTGCTTTTATTTACTC > 1:2400152/1‑151 TTCCCCCGCCAAGGCCTCTCCGCTTATTTTCAACATAATTCTTTTATACTTCGGTTTCTGCATTAAAGATAATCCTCCGCTCCTAAATGTTATTCTAACATATAAACATTATAATTGGAAACAAATTTTATTAAAACAACAATAATCCCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP002416/1438522‑1438371‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaTCATAACCACCGGCTCAGCCGGTGGTTTGCTCTAGCCCTATAAGGGCATGGTCCTTGCAGCGTCTTAAGACGCGTTGAATGGTTCGCCAACCGCATATTCTTCTCAAGCCACCACTAAAGTGGTTTTATTTTTTGCTTTTATTTACTC < CP002416/1618385‑1618238 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |