| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | CP002416 | = 448256 | 73 (0.500) | 83 (0.730) | 69/234 | 1.1 | 53.9% | intergenic (‑418/‑1071) | Clo1313_0403/Clo1313_0405 | lysyl‑tRNA synthetase/CheW protein |
| ? | CP002416 | = 448661 | 85 (0.750) | intergenic (‑823/‑666) | Clo1313_0403/Clo1313_0405 | lysyl‑tRNA synthetase/CheW protein | |||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
TTTACATCAGGAATTCAAAAAAATTTCCTGAAACATGTAATTGAGTTGAGAGTATTATCTCATATGTACTATAAGGCAGGGAATTAGCTGCATATTTAACAAGTTGTGTGATGATACTCTTTTTAATGGAAGGAATAATTTTCCTGAAAATTAATGTAACAATATGCTCATTTTGTTACTTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP002416/448074‑448256‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaatgtaacaatatgctcattttgttactttaTTAATATATTGAAAGCCTTTATATTCAAAAGATTCAACACTAATAGTACATTTTTTTTAATTTTTTATATAAAAAATAATGTATCTTTTTTTTAAAATATTTATAAAAATTTTGTATAAACAGCTGTAATGTAGAACTTATTTGGAATAA < CP002416/448661‑448512 TTTACATCAGGAATTCAAAAAAATTTCCTGAAACATGTAATTGAGTTGAGAGTATTATCTCATATGTACTATAAGGCAGGGAATTAGCTGCATATTTAACAAGTTGTGTGATGATACTCTTTTTAATGGAAGGAATAATTTTCCTGAAAAT > 1:2749614/1‑151 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> 1:1110850/1‑151 TAACAAGTTGTGTGATGATACTCTTTTTAATGGAAGGAATAATTTTCCTGAAAATTAATGTAACAATATGCTCATTTTGTTACTTTATTAATATATTGAAAGCCTTTATATTCAAAAGATTCAACACTAATAGTACATTTTTTTTAATTTT < 1:2812385/151‑1 CAAGTTGTGTGATGATACTCTTTTTAATGGAAGGAATAATTTTCCTGAAAATTAATGTAACAATATGCTCATTTTGTTACTTTATTAATATATTGAAAGCCTTTATATTCAAAAGATTCAACACTAATAGTACATTTTTTTTAATTTTTTA < 1:2039706/151‑1 AAGTTGTGTGATGATACTCTTTTTAATGGAAGGAATAATTTTCCTGAAAATTAATGTAACAATATGCTCATTTTGTTACTTTATTAATATATTGAAAGCCTTTATATTCAAAAGATTCAACACTAATAGTACATTTTTTTTAATTTTTTAT < 1:531759/151‑1 TGTGTGATGATACTCTTTTTAATGGAAGGAATAATTTTCCTGAAAATTAATGTAACAATATGCTCATTTTGTTACTTTATTAATATATTGAAAGCCTTTATATTCAAAAGATTCAACACTAATAGTACATTTTTTTTAATTTTTTATATAA < 1:884798/151‑1 TGATGATACTCTTTTTAATGGAAGGAATAATTTTCCTGAAAATTAATGTAACAATATGCTCATTTTGTTACTTTATTAATATATTGAAAGCCTTTATATTCAAAAGATTCAACACTAATAGTACATTTTTTTTAATTTTTTATATAAAAAA < 1:603829/151‑1 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1:1235216/1‑151 CAATATGCTCATTTTGTTACTTTATTAATATATTGAAAGCCTTTATATTCAAAAGATTCAACACTAATAGTACATTTTTTTTAATTTTTTATATAAAAAATAATGTATCTTTTTTTTAAAATATTTATAAAAATTTTGTATAAACAGCTGT > 1:2873609/1‑151 ATATGCTCATTTTGTTACTTTATTAATATATTGAAAGCCTTTATATTCAAAAGATTCAACACTAATAGTACATTTTTTTTAATTTTTTATATAAAAAATAATGTATCTTTTTTTTAAAATATTTATAAAAATTTTGTATAAACAGCTGTAA < 1:2695558/151‑1 ATGCTCATTTTGTTACTTTATTAATATATTGAAAGCCTTTATATTCAAAAGATTCAACACTAATAGTACATTTTTTTTAATTTTTTATATAAAAAATAATGTATCTTTTTTTTAAAATATTTATAAAAATTTTGTATAAACAGCTGTAATG < 1:3030245/151‑1 ATGCTCATTTTGTTACTTTATTAATATATTGAAAGCCTTTATATTCAAAAGATTCAACACTAATAGTACATTTTTTTTAATTTTTTATATAAAAAATAATGTATCTTTTTTTTAAAATATTTATAAAAATTTTGTATAAACAGCTGTAATG < 1:1289380/151‑1 CATTTTGTTACTTTATTAATATATTGAAAGCCTTTATATTCAAAAGATTCAACACTAATAGTACATTTTTTTTAATTTTTTATATAAAAAATAATGTATCTTTTTTTTAAAATATTTATAAAAATTTTGTATAAACAGCTGTAATGTAGAA < 1:2500861/151‑1 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> 1:1677713/1‑151 GTTACTTTATTAATATATTGAAAGCCTTTATATTCAAAAGATTCAACACTAATAGTACATTTTTTTTAATTTTTTATATAAAAAATAATGTATCTTTTTTTTAAAATATTTATAAAAATTTTGTATAAACAGCTGTAATGTAGAACTTATT > 1:2056735/1‑151 GTTACTTTATTAATATATTGAAAGCCTTTATATTCAAAAGATTCAACACTAATAGTACATTTTTTTTAATTTTTTATATAAAAAATAATGTATCTTTTTTTTAAAATATTTATAAAAATTTTGTATAAACAGCTGTAATCTAGAACTTATT < 1:2102594/151‑1 TTACTTTATTAATATATTGAAAGCCTTTATATTCAAAAGATTCAACACTAATAGTACATTTTTTTTAATTTTTTATATAAAAAATAATGTATCTTTTTTTTAAAATATTTATAAAAATTTTGTATAAACAGCTGTAATGAAGAACTTATTT > 1:1616153/1‑151 TACTTTATTAATATATTGAAAGCCTTTATATTCAAAAGATTCAACACTAATAGTACATTTTTTTTAATTTTTTATATAAAAAATAATGTATCTTTTTTTTAAAATATTTATAAAAATTTTGTATAAACAGCTGTAATGTAGAACTTATTTG > 1:550786/1‑151 ACTTTATTAATATATTGAAAGCCTTTATATTCAAAAGATTCAACACTAATAGTACATTTTTTTTAATTTTTTATATAAAAAATAATGTATCTTTTTTTTAAAATATTTATAAAAATTTTGTATAAACAGCTGTAATGTAGAACTTATTTGG < 1:240952/151‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |