| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP002416 | = 35798 | 5 (0.030) | 184 (1.300) | 123/292 | 0.1 | 97.4% | intergenic (+67/‑191) | Clo1313_0033/Clo1313_0034 | Peptidoglycan‑binding lysin domain/4‑diphosphocytidyl‑2C‑methyl‑D‑erythritol kinase |
| ? | CP002416 | = 3041052 | NA (NA) | intergenic (‑126/+95) | Clo1313_2585/Clo1313_2586 | transposase IS200‑family protein/copper amine oxidase‑like domain‑containing protein | |||||
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
AGGATATTTTAAGAGTTAACGAGTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP002416/35646‑35798‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttgtTTAAAGAAAACCACTGGCTATGCCAGTGGTTCTAAAGAGACAGTGTCTATGAGTAGAAAAAAGTAACCTCCTTTGTTACAATAATGTAGGTTCGCCAACTACATTAAAAACAAAGGAGGTATCACGATGCGTGATAATGCTAGTTTAGCA < CP002416/3041052‑3040903 AGGATATTTTAAGAGTTAACGAGTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACATCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTT < 1:2850426/151‑1 GATATTTTAAGAGTTAACGAGTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGT < 1:2003307/151‑1 TATTTTAAGAGTTAACGAGTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTT < 1:1072331/151‑1 TTTTAAGAGTTAACGAGTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAA < 1:2168407/151‑1 AGAGTTAACGAGTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAA > 1:782341/1‑151 GAGTTAACGAGTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAA > 1:2376769/1‑151 GAGTTAACGAGTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAA < 1:1273922/151‑1 GTTAACGAGTTTGGTGCGGATGATGTTCTCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACC < 1:2368150/151‑1 GTTAACGAGTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACC > 1:2021608/1‑151 GAGTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACCACTGGC > 1:2575871/1‑151 GTTTGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACCACTGGCTA < 1:2110025/151‑1 GTTTGGTGCGGATGATGGTATCGGGGAGGGACAGCAAATAATAGTTCAAAGAAACATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGCAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACCACTGGCTt > 1:1919188/1‑150 TGGTGCGGATGATGTTATCGGGGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACCACTGGCTATGC > 1:17666/1‑151 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< 1:1925550/151‑1 GGTGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACCACTGGCTATGCCAGTGGTTCTAAAGAGACAGT < 1:924031/151‑1 TGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACCACTGGCTATGCCAGTGGTTCTAAAGAGACAGTGT > 1:1559286/1‑151 TGGGACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACCACTGGCTATGCCAGTGGTTCTAAAGAGACAGTGT > 1:221492/1‑151 ACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACCACTGGCTATGCCAGTGGTTCTAAAGAGACAGTGTCTAT < 1:3404826/151‑1 ACAGCAAATAATAGTTCCAAGAAAAATAAGTTAATTTCCTGATTTTTATAAAAAATTTTATCAAATTAAGGTCCGAAGTCGAAGATTTCGGACTTTTTTGTTTAAAGAAAACCACTGGCTATGCCAGTGGTTCTAAAGAGACAGTGTCTAT > 1:2700292/1‑151 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |