| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP002416 | 1 = | 0 (0.000) | 173 (1.190) | 131/300 | 0.0 | 100% | intergenic (–/‑211) | –/Clo1313_0001 | –/chromosomal replication initiator protein DnaA |
| ? | CP002416 | = 3561619 | 0 (0.000) | intergenic (‑494/–) | Clo1313_3033/– | ribosomal protein L34/– | |||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
TTGTCGGTGGTTTGTAAAATTATTTCCTTGGTGTTTTATAAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP002416/150‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTAAAATGACGAAGGCGAAAAAAGTTTTTTGTTCAAGTTGTCAACAAAGTTATTAACAATTTCTG < CP002416/3561619‑3561470 TTGTCGGTGGTTTGTAAAATTATTTCCTTGGTGTTTTATAAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATA < 1:2301310/151‑1 TGTCGGTGGTTTGTAAAATTATTTCCTTGGTGTTTTATAAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAA < 1:2293716/151‑1 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> 1:3427441/1‑151 TGTAAAATTATTTCCTTGGTGTTTTATAAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAA < 1:1447182/151‑1 TAAAATTATTTCCTTGGTGTTTTATAAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGC > 1:484782/1‑151 AAAATTATTTCCTTGGTGTTTTATAAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCA > 1:931354/1‑151 AATTATTTCCTTGGTGTTTTATAAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATT > 1:887145/1‑151 ATTATTTCCTTGGTGTTTTATAAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTT > 1:2635880/1‑151 ATTTCCTTGGTGTTTTATAAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAAT > 1:621687/1‑151 TTCCTTGGTGTTTTATAAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTG < 1:1697540/151‑1 CCTTGGTGTTTTATAAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAA > 1:1884839/1‑151 CTTGGTGTTTTATAAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAA < 1:2757945/151‑1 TGGTGTTTTATAAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATA > 1:2396646/1‑151 TGGTGTTTTATAAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATA < 1:1111574/151‑1 GTGTTTTATAAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAAT > 1:441734/1‑151 GTGTTTTATAAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAAT < 1:524641/151‑1 TGTTTTATAAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATT < 1:1284773/151‑1 GTTTTATAAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTT < 1:109158/151‑1 TTTATAAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTG > 1:3282375/1‑151 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AAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAA > 1:1821365/1‑151 AAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAA < 1:788674/151‑1 AAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAA < 1:3444031/151‑1 AAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGT > 1:1287838/1‑151 TTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAA < 1:916103/151‑1 TATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAA < 1:1027046/151‑1 ATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAA < 1:1847099/151‑1 CTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAAC > 1:892471/1‑151 CTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAAC < 1:3053118/151‑1 TAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAAC < 1:2921851/151‑1 TGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATA > 1:3179274/1‑151 GTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATA > 1:1314732/1‑151 TTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAAT < 1:880659/151‑1 TTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATA < 1:2179866/151‑1 GTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGT < 1:1235880/151‑1 TTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGG > 1:2726199/1‑151 ATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTA 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> 1:3413943/1‑151 TTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTA > 1:1161555/1‑151 TTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTA < 1:1396691/151‑1 TAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTAA > 1:2512063/1‑151 AAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTAAAA < 1:2779819/151‑1 AAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTAAAAT > 1:43949/1‑151 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> 1:2256826/1‑151 ATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTAAAATGACGAAGGCGAAAAAAGT < 1:2076273/151‑1 TTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTAAAATGACGAAGGCGAAAAAAGTTTTTT < 1:3132317/151‑1 TAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTAAAATGACGAAGGCGAAAAAAGTTTTTTG < 1:283320/151‑1 ATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTAAAATGACGAAGGCGAAAAAAGTTTTTTGTTCA < 1:672651/151‑1 TTCCGCATACAAAATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTAAAATGACGAAGGCGAAAAAAGTTTTTTGTTCAAGTT < 1:1757470/151‑1 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1:3354679/151‑1 AATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTAAAATGACGAAGGCGAAAAAAGTTTTTTGTTCAAGTTGTCAACAAAGTT < 1:2057749/151‑1 ATAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTAAAATGACGAAGGCGAAAAAAGTTTTTTGTTCAAGTTGTCAACAAAGTTA < 1:208342/151‑1 TAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTAAAATGACGAAGGCGAAAAAAGTTTTTTGTTCAAGTTGTCAACAAAGTTAT < 1:619595/151‑1 TAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTAAAATGACGAAGGCGAAAAAAGTTTTTTGTTCAAGTTGTCAACAAAGTTAT > 1:804431/1‑151 TAATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTAAAATGACGAAGGCGAAAAAAGTTTTTTGTTCAAGTTGTCAACAAAGTTAT < 1:1328385/151‑1 AATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACGACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTAAAATGACGAAGGCGAAAAAAGTTTTTTGTTCAAGTTGTCAACAAAGTTATT < 1:475097/151‑1 ATTGACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTAAAATGACGAAGGCGAAAAAAGTTTTTTGTTCAAGTTGTCAACAAAGTTATTA < 1:1846337/151‑1 GACAAAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTAAAATGACGAAGGCGAAAAAAGTTTTTTGTTCAAGTTGTCAACAAAGTTATTAACA > 1:282002/1‑151 AAATAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTAAAATGACGAAGGCGAAAAAAGTTTTTTGTTCAAGTTGTCAACAAAGTTATTAACAATTT > 1:2275147/1‑151 TAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTAAAATGACGAAGGCGAAAAAAGTTTTTTGTTCAAGTTGTCAACAAAGTTATTAACAATTTCTG < 1:618946/151‑1 TAAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTAAAATGACGAAGGCGAAAAAAGTTTTTTGTTCAAGTTGTCAACAAAGTTATTAACAATTTCTG < 1:1287839/151‑1 TTGTCGGTGGTTTGTAAAATTATTTCCTTGGTGTTTTATAAAAAGATTTATCTTTAGTGGTTTATTGTTTATGATTTTGCGTTGATTTTAAAAATCCGTCTGTAAATGAATGCATTAAAATATTTCCGCATACAAAATAATTGACAAAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP002416/150‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAGGCATCTTAAGCATTTAATTGAAATAATTTTGTATAAGTTGTTAAAAACAACATATAATATAGTGGTAAAAAGTATTGTTTAGTAAAATGACGAAGGCGAAAAAAGTTTTTTGTTCAAGTTGTCAACAAAGTTATTAACAATTTCTG < CP002416/3561619‑3561470 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |