| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP002416 | 559,120 | +T | intergenic (+2676/‑1745) | Clo1313_0505 → / → Clo1313_0509 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP002416 | 559,120 | 1 | . | T | 98.5% | 246.5 / ‑3.3 | 66 | intergenic (+2676/‑1745) | Clo1313_0505/Clo1313_0509 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base T (35/30); total (36/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTAAGAGTATGCTAACTGATAAAAATATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑T‑GTATAATCTTTACAACTGTGCACTCTGTTGGAGGATGTCAAGGGCGAGCGTAAGCGAGTTCATCTTGACCCTTGACA > CP002416/558970‑559197 | ttAAGAGTATGCTAACTGATAAAAATATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAAtt‑t < 1:2652762/151‑1 (MQ=255) tAAGAGTATGCTAACTGATAAAAATATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAAtt‑tt > 1:2487259/1‑150 (MQ=255) agagTATGCTAACTGATACAAATATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAAtt‑ttgt > 1:1218703/1‑148 (MQ=255) agagTATGCTAACTGATAAAAATATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAAtt‑ttgt > 1:2359133/1‑148 (MQ=255) agagTATGCTAACTGATAAAAATATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAAtt‑ttgt > 1:1423749/1‑148 (MQ=255) gagTATGCTAACTGATAAAAATATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAAtt‑ttgta < 1:2082694/151‑5 (MQ=255) agTATGCTAACTGATAAAAATATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAAtt‑ttgtat > 1:2389136/1‑146 (MQ=255) agTATGCTAACTGATAAAAATATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAAtt‑ttgtat < 1:2953987/151‑6 (MQ=255) gTATGCTAACTGATAAAAATATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGtata < 1:536325/151‑1 (MQ=255) aTGCTAACTGATAAAAATATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAAt > 1:362616/1‑151 (MQ=255) gCTAACTGATAAAAATATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCt > 1:980493/1‑151 (MQ=255) gCTAACTGATAAAAATATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCt < 1:2462238/151‑1 (MQ=255) tAACTGATAAAAATATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCttt > 1:497031/1‑151 (MQ=255) aaCTGATAAAAATATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTa > 1:2333413/1‑151 (MQ=255) aaCTGATAAAAATATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTa < 1:2452443/151‑1 (MQ=255) aaCTGATAAAAATATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTa < 1:1108419/151‑1 (MQ=255) aCTGATAAAAATATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTAc < 1:1534695/151‑1 (MQ=255) aCTGATAAAAATATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTAc < 1:1414938/151‑1 (MQ=255) aCTGATAAAAATATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTAc > 1:443652/1‑151 (MQ=255) 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aaaaTATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACtgtg < 1:2808352/151‑1 (MQ=255) aaaTATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGc < 1:1733841/151‑1 (MQ=255) aaTATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCa > 1:640952/1‑151 (MQ=255) aaTATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCa > 1:3204079/1‑151 (MQ=255) atatTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCAc > 1:45107/1‑151 (MQ=255) atatTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCAc > 1:1949642/1‑151 (MQ=255) gATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCACTCTGt > 1:2179132/1‑151 (MQ=255) aTGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCACTCTGtt > 1:2709268/1‑151 (MQ=255) aTGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCACTCTGtt > 1:2122984/1‑151 (MQ=255) aTGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCACTCTGtt > 1:1844649/1‑151 (MQ=255) aTGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCACTCTGtt > 1:400674/1‑151 (MQ=255) gCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCACTCTGTTgg > 1:1674743/1‑151 (MQ=255) ttGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCACTCTGTTggagg < 1:1125745/151‑1 (MQ=255) ggATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCACTCTGTTGGAGGAt < 1:2754194/151‑1 (MQ=255) aTAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCACTCTGTTGGAGGATGt > 1:506362/1‑151 (MQ=255) tAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCACTCTGTTGGAGGATGTc < 1:2506977/151‑1 (MQ=255) aaaTTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCACTCTGTTGGAGGATGTCa > 1:1261263/1‑151 (MQ=255) aTTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCACTCTGTTGGAGGATGTCAAg < 1:2692751/151‑1 (MQ=255) tGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCACTCTGTTGGAGGATGTCAAggg > 1:2200/1‑151 (MQ=255) tGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCACTCTGTTGGAGGATGTCAAggg < 1:260221/151‑1 (MQ=255) 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aaCATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCACTCTGTTGGAGGATGTCAAGGGCGAGCGTAAGCGAGTTCATCTTg < 1:1261262/151‑1 (MQ=255) aCATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCACTCTGTTGGAGGATGTCAAGGGCGAGCGTAAGCGAGTTCATCTTGa < 1:1363877/151‑1 (MQ=255) cATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCACTCTGTTGGAGGATGTCAAGGGCGAGCGTAAGCGAGTTCATCTTGAc > 1:2850718/1‑151 (MQ=25) tACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCACTCTGTTGGAGGATGTCAAGGGCGAGCGTAAGCGAGTTCATCTTGAccc > 1:203997/1‑151 (MQ=21) ccGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑TTGTATAATCTTTACAACTGTGCACTCTGTTGGAGGATGTCAAGGGCGAGCGTAAGCGAGTTCATCTTGACCCtt > 1:2502445/1‑151 (MQ=18) 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TTAAGAGTATGCTAACTGATAAAAATATTGATGCTTTGGATAAATTGATGGAGGGAGCCAAAAATCTAAACATACCGGAGATAAACTATAATGCTCCCCATTGTCAAGACAGTTTTTTAGCTTTTCTAAGTTAGCTCTCCTTTCTTAATT‑T‑GTATAATCTTTACAACTGTGCACTCTGTTGGAGGATGTCAAGGGCGAGCGTAAGCGAGTTCATCTTGACCCTTGACA > CP002416/558970‑559197 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |