| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP002416 | 662,391 | (A)9→8 | intergenic (‑315/‑11) | Clo1313_0600 ← / → Clo1313_0601 | Tetratricopeptide TPR_1 repeat‑containing protein/Fibronectin type III domain protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP002416 | 662,391 | 0 | A | . | 99.3% | 625.6 / ‑3.9 | 137 | intergenic (‑315/‑11) | Clo1313_0600/Clo1313_0601 | Tetratricopeptide TPR_1 repeat‑containing protein/Fibronectin type III domain protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base . (59/77); total (59/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
ACAATGTTTTATGTTATAAATTCTAAATAGTTACATAATGTTTCAATTTAACATATATATCTAGATTCTATAAACAATCTAATGTAATACTATATTGTTGTATATATGCTCAACTTGTATTTAACTGATTATTTTCAAAAAAAAAGGGAATTACTTTGAATAAGTGGGAAATTATCAAGAAAACAGTCTCAGTTTGTCTTTTATTATCCATAACGTTTTCAATTTTTATTAATTCGGATGTTGTTTTGGCATTAAGTCAAAAAGTAGAGAATATAAATTTTGGAGAGAATATAAA > CP002416/662247‑662541 | caatGTTTTATGTTATAAATTCTAAATAGTTACATAATGTTTCAATTTAACATATATATCTAGATTCTATAAACAATCTAATGTAATACTATATTGTTGTATATATGCTCAACTTGTATTTAACTGATTATTTTCAAAAAAAA‑GGGAATTa < 1:919203/151‑1 (MQ=255) caatGTTTTATGTTATAAATTCTAAATAGTTACATAATGTTTCAATTTAACATATATATCTAGATTCTATAAACAATCTAATGTAATACTATATTGTTGTATATATGCTCAACTTGTATTTAACTGATTATTTTCAAAAAAAA‑GGGAATTa < 1:1664697/151‑1 (MQ=255) atGTTTTATGTTATAAATTCTAAATAGTTACATAATGTTTCAATTTAACATATATATCTAGATTCTATAAACAATCTAATGTAATACTATATTGTTGTATATATGCTCAACTTGTATTTAACTGATTATTTTCAAAAAAAA‑GGGAATTACt < 1:2675689/151‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |