| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP002416 | 2,367,921 | Δ1 bp | intergenic (‑986/+195) | Clo1313_2006 ← / ← Clo1313_2008 | ADP‑ribosylation/Crystallin J1/transposase mutator type |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP002416 | 2,367,921 | 0 | A | . | 99.1% | 477.5 / ‑3.7 | 105 | intergenic (‑986/+195) | Clo1313_2006/Clo1313_2008 | ADP‑ribosylation/Crystallin J1/transposase mutator type |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base . (46/58); total (47/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GGCAATAGGTCACATCTATGGACCATACCTGATTAGGATGATCAATTTTCAAGTTTCTCAACAGATATGGATACAAATTCTTACCATGTATTCGTTTGCTGAGGTTGGGGCCAGGACAGAATCCATGGCAGTGTAAATATTTTTGTAGTAAACTAATTTTCCTTCTATGTTAGTATTTAAATATATTTTAAGACTCGAAAGTCTGCTTTGTCAAATTTTATAGATTCAAAAGAATTTCTGATAAGAAATTCTTACAAAAGAAAAATTTGACA > CP002416/2367775‑2368046 | ggCAATAGGTCACATCTATGGACCATACCTGATTAGGATGATCAATTTTCAAGTTTCTCAACAGATATGGATACAAATTCTTACCATGTATTCGTTTGCTGAGGTTGGGGCCAGGACAGAATCCATGGCAGTGTAAATATTTTTGT‑GTaaa < 1:3438816/151‑1 (MQ=255) aaTAGGTCACATCTATGGACCATACCTGATTAGGATGATCAATTTTCAAGTTTCTCAACAGATATGGATACAAATTCTTACCATGTATTCGTTTGCTGAGGTTGGGGCCAGGACAGAATCCATGGCAGTGTAAATATTTTTGT‑GTAAACTa < 1:373679/151‑1 (MQ=255) ggTCACATCTATGGACCATACCTGATTAGGATGATCAATTTTCAAGTTTCTCAACAGATATGGATACAAATTCTTACCATGTATTCGTTTGCTGAGGTTGGGGCCAGGACAGAATCCATGGCAGTGTAAATATTTTTGT‑GTAAACTAAttt < 1:2594681/151‑1 (MQ=255) ggTCACATCTATGGACCATACCTGATTAGGATGATCAATTTTCAAGTTTCTCAACAGATATGGATACAAATTCTTACCATGTATTCGTTTGCTGAGGTTGGGGCCAGGACAGAATCCATGGCAGTGTAAATATTTTTGT‑GTAAACTAAttt < 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ttGGGGCCAGGACAGAATCCATGGCAGTGTAAATATTTTTGT‑GTAAACTAATTTTCCTTCTATGTTAGTATTTAAATATATTTTAAGACTCGAAAGTCTGCTTTGTCAAATTTTATAGATTCAAAAGAATTTCTGATAAGAAATTCTTACa < 1:1129403/151‑1 (MQ=255) ggggCCAGGACAGAATCCATGGCAGTGTAAATATTTTTGT‑GTAAACTAATTTTCCTTCTATGTTAGTATTTAAATATATTTTAAGACTCGAAAGTCTGCTTTGTCAAATTTTATAGATTCAAAAGAATTTCTGATAAGAAATTCTTACaaa < 1:3005055/151‑1 (MQ=255) gggCCAGGACAGAATCCATGGCAGTGTAAATATTTTTGT‑GTAAACTAATTTTCCTTCTATGTTAGTATTTAAATATATTTTAAGACTCGAAAGTCTGCTTTGTCAAATTTTATAGATTCAAAAGAATTTCTGATAAGAAATTCTTACaaaa > 1:1674607/1‑151 (MQ=255) gggCCAGGACAGAATCCATGGCAGTGTAAATATTTTTGT‑GTAAACTAATTTTCCTTCTATGTTAGTATTTAAATATATTTTAAGACTCGAAAGTCTGCTTTGTCAAATTTTATAGATTCAAAAGAATTTCTGATAAGAAATTCTTACaaaa < 1:262902/151‑1 (MQ=255) ggCCAGGACAGAATCCATGGCAGTGTAAATATTTTTGT‑GTAAACTAATTTTCCTTCTATGTTAGTATTTAAATATATTTTAAGACTCGAAAGTCTGCTTTGTCAAATTTTATAGATTCAAAAGAATTTCTGATAAGAAATTCTTACAAAAg < 1:2741577/151‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |